Podczas noszenia aparatu ruchomego należy pamiętać nie tylko o higienie jamy ustnej, ale również o higienie aparatu ortodontycznego. Na aparacie, podobnie jak na zębach, gromadzi się płytka nazębna, która musi zostać usunięta w celu zapobiegnięcia próchnicy zębów oraz zniszczenia aparatu ortodontycznego. Dlatego też po każdym użyciu aparatu (wyjęciu z jamy ustnej) należy go wyczyścić. Powinno się go myć specjalną szczoteczką do aparatów i protez zębowych lub zwykłą drugą szczoteczką do zębów oraz pastą do zębów lub mydłem. Należy szczególnie zadbać o dokładne wyczyszczenie okolic śrub, które są ciężko dostępne dla szczoteczki. Jednocześnie trzeba uważać, by nie odkształcić drutów aparatu. Po wyszczotkowaniu aparatu należy opłukać go pod bieżącą wodą i osuszyć (najlepiej ręcznikiem papierowym). Tak oczyszczony aparat powinno przechowywać się w specjalnym pudełku otrzymanym od ortodonty.

W przypadku powstawania na aparacie większych osadów należy oczyścić go za pomocą środków czyszczących do protez zębowych. Należy pamiętać, że aparat zakładamy dopiero po umyciu zębów.